La iglesia de San Juan acoge diversas imágenes de gran valor devocional, muchas de ellas estrechamente vinculadas a la historia de la Hermandad y al patrimonio religioso de Alcalá la Real.
San Juan Bautista
Imagen del titular de la iglesia, obra del escultor granadino Espinosa, realizada en madera tallada y policromada en torno a 1970. Se encuentra en el altar mayor, a la derecha del Santísimo Cristo de la Salud, y forma parte esencial del conjunto litúrgico del templo.
Virgen de las Mercedes
Pequeña imagen mariana atribuida al escultor granadino Sánchez Mesa, realizada probablemente en torno a 1918. Se trata de una copia de la antigua imagen venerada en la iglesia de la Consolación.
Fue donada por Valeriano Ferreira y actualmente se sitúa en el altar mayor, a la izquierda del Santísimo Cristo de la Salud. En mayo y junio de 2023 fue restaurada por Rosa María Delgado Cambronero, recuperándose su policromía original.
Nuestra Señora de la Amargura en su Limpia Concepción
La dolorosa llega a la iglesia de San Juan en 2017, siendo bendecida el 25 de junio de ese mismo año. Desde entonces, la Hermandad celebra en su honor cultos cuaresmales durante el segundo fin de semana de Cuaresma.
En 2021, la Junta de Gobierno acordó incorporar la advocación «en su Limpia Concepción», tal como recogen los estatutos de la Hermandad.
Se trata de una imagen de candelero de tamaño natural, realizada a partir de un busto previo en terracota del escultor Alfonso Castellano. La intervención y transformación fue realizada por el imaginero Adrián Valverde, de Cabra, quien ejecutó el nuevo cuerpo de madera de cedro, el candelero, los brazos y la policromía al óleo de toda la obra.
Niño Jesús
Imagen del Niño Jesús tallada en madera, situada en la capilla de la Amargura, en un antiguo sagrario que actualmente cumple funciones de hornacina.
Es la imagen que preside los cultos navideños de la Hermandad y recibe especial veneración durante el tiempo de Navidad.
Nuestra Señora de la Milagrosa
Imagen de escayola procedente del Convento de Cristo Rey. Se encuentra en la capilla del Sagrario y durante el mes de mayo es trasladada al altar mayor para su veneración en los cultos marianos.
Otras imágenes
La iglesia alberga además otras imágenes de especial devoción, entre las que destacan el Sagrado Corazón de Jesús, San Blas mitrado, San Rafael y San José.
Estas tres últimas proceden de la antigua ermita de la Trinidad y son actualmente propiedad del Ayuntamiento de Alcalá la Real, formando parte del patrimonio histórico-artístico del templo.