La Iglesia de San Juan Bautista, situada en la placeta de San Juan, es un conjunto formado por la iglesia, patín, sacristía y otras dependencias anejas. Muestra una variante arquitectónica, propia de la edilicia popular, con marcado contraste entre la blanca cal y la piedra, que denotan un rincón de fisonomía andaluza.
Al patín se accede desde la calle por un arco de medio punto, adornado en sus flancos por dos molduras circulares. Un airoso alero, a dos vertientes, remata la blanqueada fachada. Siendo del mismo modo el acceso al templo mediante un arco de medio punto, de cantería, sin adorno alguno.
La iglesia se forma por una única nave principal, con su capilla mayor o altar. En este se encuentra la imagen del Cristo de la Salud flanqueada por San Juan (a la derecha) y la Virgen de las Mercedes (en la izquierda). En el altar mayor, por el lado de la epístola se accede a la sacristía, a la cual se puede acceder desde el patio también. En esta se encuentra el acceso al campanario.
La iglesia dispone además de dos capillas, la capilla del Sagrario, justo frente a la puerta principal, donde se encuentra el Santísimo Sacramento y el cuadro del Descendimiento, obra pictórica de grandes dimensiones realizada por el pintor alcalaino José Sánchez, del momento en que el Cristo de la Salud es bajado desde el tejadillo de San Juan para volver a su altar. Junto a la capilla anteriormente citada, se encuentra la de la Milagrosa, donde además de la imagen de la Milagrosa se encuentra el Niño Jesús que nuestra hermandad adora en Navidad y el Gallardete de la misma. Al final de la iglesia hay una sala por la cual se accede al coro, en la cual además se encuentra nuestro museo.
Anexo también a la iglesia y sobre la sacristía se encuentra la antigua sala de juntas, actualmente destinada al archivo de la hermandad. Así como en el patio de la iglesia el Museo del Pujarero, donde se recogen diversos aperos de labranza y utensilios del hogar de años atrás.